1. Управление возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Республики Башкортостан по представлению Премьер-министра Правительства Республики Башкортостан.

2. Начальник имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Правительством Республики Башкортостан по согласованию с Президентом Республики Башкортостан.

3. Начальник:
3.1. Руководит деятельностью Управления, распределяет обязанности среди своих заместителей, несет ответственность за выполнение возложенных на Управление задач и функций, утверждает структуру и штатное расписание аппарата Управления в пределах установленного лимита численности работников и фонда оплаты труда, положения о структурных подразделениях Управления и служебные обязанности руководителей этих подразделений, смету расходов на содержание аппарата Управления в пределах установленных бюджетных ассигнований.

3.2. Представляет Управление на переговорах, ведет переговоры и подписывает межведомственные договоры и соглашения.

3.3. Утверждает в установленном порядке уставы организаций, подведомственных Управлению. Назначает на должность и освобождает от должности работников Управления, а также руководителей подведомственных организаций, применяет к ним меры поощрения и дисциплинарного взыскания. По согласованию с начальником Главного управления МЧС России по Республике Башкортостан назначает на должности начальников пожарных частей и отрядов, содержащихся за счет средств бюджета Республики Башкортостан.

3.4. Отменяет в установленном порядке решения подведомственных организаций в случае их несоответствия законодательству.

3.5. Представляет в установленном порядке особо отличившихся работников к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации и Республики Башкортостан.

3.6. Организует и проводит мероприятия по отбору, подготовке и повышению квалификации кадров.

4. В Управлении образуется коллегия в составе начальника (председатель коллегии), его заместителей, входящих в состав коллегии по должности, руководителей структурных подразделений Управления, организаций, подведомственных Управлению, иных представителей.
Состав и численность коллегии утверждаются Президентом Республики Башкортостан по представлению Премьер-министра Правительства Республики Башкортостан.
Решения коллегии оформляются протоколами. В случае разногласий между начальником Управления и членами коллегии начальник Управления принимает свое решение, докладывая о возникших разногласиях в Правительство Республики Башкортостан. Члены коллегии вправе сообщить особое мнение в Правительство Республики Башкортостан.